水上バスをお薦めします。

ヤマデンブルクさま

バスか水上バスかは、Plannerさまが仰るようにホテルの場所にもよると思います。その上で、時刻表上で測る限り時間的に大差なく、かつどちらを使うかまだ迷われているのであれば、水上バスをお薦めします。

　理由は、以下の２点です。

(1)市営バスもシャトルバスもどちらも所詮陸上交通なので、渋滞があること。
　私は空港への帰路に市営バスを利用しましたが、市街地で渋滞にあったこともあり、ローマ広場から空港まで40分近くかかりました。
　移動に正確な時間を求めるなら、比較論になりますが、水上バスのほうがまだ読めるかと思います。
　また、どちらの交通手段を用いるにしても、窓口の混雑を回避するために事前にチケット購入することをお勧めいたします。

②水上バス乗り場から空港ビルまで、カートを利用できること。
　市営・シャトルバス降り場から空港ビル入口までは確かに目の前です。しかし、水上バス降り場から空港チェックインまで必ず２０分かかるかというと、そうではないと思います。というのは、水上バスを降りてから左手に５０ｍほど進んだところにカート置き場があるからです。デポジットとして２ユーロ必要ですが、重いスーツケースを引きずることなくスイスイ空港まで移動できるのでお薦めです。とはいえ、２分や３分ではいけませんのでご注意ください（私の場合７分ほどでした。詳細は、手前味噌ですが、こちらをご覧ください。最終パラグラフで水上バス乗り場と空港との移動について触れております）。（http://tabisuke.arukikata.co.jp/mouth/51069/）