鉄道で出国する際のＶＡＴ申請について教えてください

一般論でしか答えようがないのです。

　ご利用列車に必ず税関職員が乗車する確証もない以上一般論でしか回答ができません。事前に駅で税関職員の乗車を確認して列車を選択と言われていますが、仮に乗車してもご自身の座席まで回ってくるという保証はありませんし、車掌にお願いしておいても確約できるものではありません。そうなると確実なのは列車を乗り換えてでも国境駅で下車して国境駅の税関で承認を受けるという事になりますが、小さな国境駅には職員がいないと聞いています。

　ジュネーブ宿泊という事で、最後の手段としてフランスに行って手続してくるという方法もあります。ジュネーブ空港の滑走路の向こうはフランスで、空港や隣のモータショー会場から路線バスがフランス側に運行しているようなので、フランス税関に簡単に行く事ができます。どの国境でも構いませんが、タクシーなど高い費用をかけてまで行くかの損益はご自身で判断していただくしかないので、公共交通機関で行ける所の一例です。またコルナバン駅を利用したのはひと昔もふた昔も前の事で現在の駅の状況を存じ上げませんが、TGVのホームへ行く所に今でもフランス税関があるようでしたらここで相談して承認してもらう事も可能かもしれません。どこの税関でも税還付の申請ですから、免税書類/商品/旅券/航空券の提示は基本原則ですね。（見ない事はよくあります）

　ジュネーブからの帰国は、直行便が無い以上どこかを経由しての帰国だと思いますが、EU内を経由しない前提での回答である事を最後に付け加えておきます。