蚊はどこにでもいます。

蚊はホテルでもヴィラでも多かれ少なかれどこにでもいます。私も蚊はとても嫌で気を使っていますが、ただ経験上、基本的に高級ホテルやヴィラでは周辺やホテル内に蚊対策をとっているので、少ないと思います。また、各部屋に蚊取線香や、ベープマットなどがおいてあり、それをつけておけば問題ありません。さらに多くのヴィラではベットに蚊帳がついているので、蚊に悩まされることも無く、とてもロマンチックだと思いますよ。もちろんもっと気になるようであれば、ホテルの人に頼んでバイゴン（インドネシア版キンチョール）をもってきてもらったり、ご自身で手足に蚊よけスプレーをしておくといいと思います。
虫はこれまでそんなに気になったことが私はないのですが・・時々チチャックという小さなトカゲが時々壁にはって、キーキーとないていますが、日本のトカゲと違い白くてとてもかわいいですよ。鳴く以外に害はありませんし、蚊を食べてくれるので感謝したいほどです。うるさいな～と思っても、これもインドネシアらしさだと思いのんびりされてください。
壁がない？？というのはちょっとわからないのですが、もちろんホテルの部屋に比べたらヴィラはとても広いですし、ヴィラによってはリヴィングとベットルームに分かれていたり、簡易キッチンがついていたりプールがあったりとするので、密閉率は低いですが、それ以上に贅沢感やプライベート感が味わえますよ。
普通のホテルならどこに行っても宿泊できますが、2，3万円から高級ヴィラに滞在できるバリ島ではやっぱり蚊や虫が多少気になっても、それ以上のものが感じ得られると思います。
ぜひ奥様とご相談なさってみてください。素敵なハネムーンにになりますよ！！