途中下車も可です

>ジャンダルマン・マルクトはツアーに組み込まれていないのでどんなところか調べたところ、とてもきれいな広場ですね。

旧東ベルリン一の観光ポイントです。でもわたしがはじめてBerlinに行った1985年春にはまだ瓦礫というか戦災の復旧がなされていませんでした。

>ベルリンでは普通切符で2時間以内であれば何度乗り換えてもいいのですか？

その通りです。もう一つの条件は、逆もどりしたり、周遊したりしてはいけない。

>乗換えということは、地下鉄→バス、地下鉄→別路線の地下鉄ならいいけれど、同じ路線の途中下車はダメなのでしょうか？

規定に明記されています、途中下車も可です。

>それとも最初の刻印から2時間以内であれば、1枚のチケットでいいということでしょうか？

ご質問のケースでは問題ありません。一枚の切符で大丈夫です。

>また、最初に地下鉄を利用したときに、前もって帰りのABC券を購入しておけば、帰りに博物館島からバスに乗るときにその券を見せて刻印をしてもらえば、運転手さんから買う必要がないということですか？

これもその通りです。切符は刻印して始めて有効になり、有効時間はスタンプの時間から計算されます。

>ただ、地下鉄やバスには何度か乗りそうなので、その回数次第では1日乗車のABC券を買うのが一番便利でお得かもしれないですね

そのケースもありえます。よく考えてみてください。