似たような経験アリ

僕も似たような経験あります。
マンハイムからフランクフルト空港へ行こうとしたとき、空港の直前の森の中でしばらく停車し、なんかアナウンスがあったあと走り出しましたが、着いたのはフランクフルト中央駅でした。
どこかで違う線に入り、空港を飛ばしたんです。ICEでしたので、空港で降りたい人もいたはずですが。
中央駅に着いたら、違うICEで空港まで行けといわれて、急いで引き返しましたよ。

今回の場合、シュトゥットガルトへ入るのに時間がかかるのであれば、途中駅でその客を降ろして、スルーしたほうがダイヤは守れるし、シュトットガルトで降りたい乗客にもいいと思ったんでは?
ドイツは日本よりも列車の運行本数も路線も多いので、これができるんでしょう。ちゃんと案内すれば乗客には実害ないですしね。