補足

念のために、チェスケー・ブジェヨヴィッツェの観光案内所にメールで問い合わせをしてみました。

http://www.c-budejovice.cz/en/tourism-sport-culture-leisure/informations/Stranky/tourist-information-centre.aspx

すぐ返事が来ました。それによると、荷物預かりは駅とバスステーションの2ヶ所にあるそうです。