ジャーマンレイルパス（4日間）では割高ではないでしょうか。

細かく計算はしていませんが、中長距離の移動は３、６日だけなのでパスだと割高になると思います。

ＤＢの自動券売機は使いやすいので現地で切符を購入した方が良いと思います。

また、ミュンヘンからベルリンは時間がかかるので飛行機も選択肢に入れるといいと思います。