間違っています

>一度、ウィーンで出国する場合は、ドブロブニクで荷物を預ける際に、成田までにする事は出来ず、ウィーンで一度ピックアップしなければならないと思っておりました。

どの便とどの便を乗り継ぐかにもよりますが、オーストリア航空(ですよね)でドブロブニクから成田に行くならば、荷物は成田までスルーで送れます。

ウィーン･シュヴェヒャト空港での荷物の引き取り、預入があるならばウィーン市内に出るのはよした方が良いです(荷物でロスが1時間はあるので)。