ご参考までに。

初めまして。
私は2007年8月に利用して、途中ローテンブルクで2泊しましたが、乗車したヴュルツブルク～ローテンブルク、ローテンブルク～フュッセンは各区間ごとに乗車券を購入しました。
現在の状況は判りませんが、私の時は8月のピーク時でも数人から多くても十数人しか乗車していなかったので、予約しなくても乗れると思います。
当日乗車の場合はドライバーから乗車券を買うので、途中下車については直接問い合わせてみられては如何でしょうか。（基本的に路線バスと同じなので、各区間ごとに乗車券が必要なのではと思いますが）
往復で購入すると途中下車可能かも？と書かれたサイトもありました。
ご参考までに。お気をつけて良い旅になられますように。