いろいろ

航空券は香港往復か、シンガポール往復を買って、あとはair asiaなどのLLCを利用するのが１番いいかと思います。

ただし、格安の香港往復は７日以内のチケットが多いです。８～９日の旅行を考えているなら、シンガポール往復にしたほうがいいかもしれません。シンガポール往復にするなら香港は遠回りになるので今回はカットしたほうがいいでしょう。

シンガポール往復は、７月であればいまユナイテッドの正規航空券が通常の半額で１人２万４千円とかで出ています。航空会社未定であればもっと安いのも出てます。

シンガポール→クアラルンプールは、陸路（バス）で５～６時間です。
クアラルンプール→ペナンも、陸路（バス）で６時間ほどです。
飛行機もいいですが、結局空港まで行く時間や搭乗に余裕持った時間に到着すること、LCCT（air asiaの場合）は本当に遠いことなんか考えると、陸路も空路もそれほどかかる時間は変わらない、と思っていいかと思います。

日程配分は、どこで何をみたいかによります。
シンガポールは動物園だけでよければすぐ出て、そのあとクアラルンプール、でもここもいい町ですが観光スポットみたいなとこはそれほど多くありません。
ペナンでのんびりするために時間をさいたらどうでしょう。ついでにペナンからフェリーでランカウイにもいけるので、ランカウイもいってしまうとか。