エアーの場合

ウィーン空港までの所要時間等は他の方のアドバイスがありましたので…

>>ウィーン→プラハは飛行機が小さくて乗り降りが早く終わるんじゃないか、とも
>>勝手に思っているのですが。
通常、プロペラ機　DASH8-Q300 か　-Q400型です。
特に区別せず運行しているようです。
また、運用の都合か、混雑なのか、Fokker-100型というジェット機
の場合もあるようです。(プラハからの７１０便がこれでした）

機内では２００ｍｌのペットボトルの配布、小さく切り分けたケーキと
紅茶またはコーヒー　のサービスがあります。

>>あとシェンゲン協定国間なので早いかなぁとも
上の質問とも関連しますが、パスポートコントロールがないだけで、
セキュリティチェックはありますので、多少は早い程度だと思います。
ウィーン空港のオーストリア航空のカウンターはたくさんあり、また自動
チェックイン機もあるので、搭乗手続きにさほど時間はかからないとは思います。
なお、小型機なので、ボーディングブリッジではなく、バス輸送になり、
ぎりぎりの時間にバス１台で全員を輸送、といった雰囲気でした。
ターミナルも　バス用のターミナルで　多少、歩きます。

プラハでは、パスポートコントロール、税関ともなく、すぐ外に出られます。
市街（地下鉄　Dejvicka駅）までの　１１９番のバスも頻発してますが、
宿泊場所にもよりますが、旧市街だと１時間近くはかかるとカウントしたほうがよいでしょう。