案としては

ミュンヘンから、まず、フュッセンに行ってしまい、ノイシュヴァンシュタイン城などを見学して、翌日、バスで、リンダーホフやオーバアマガウを見て、ホーエンシュヴァンガウに泊まるのは無理ですか。

DBのHPで、バスの時刻を調べられます。

バスは普通の路線バスで、荷物用の置き場所はありません。
オーバーアマガウの赤ずきんちゃんの家は、村はずれなので、駅からだと20分くらいかかるのでは？
リンダーホフの切符売り場でスーツケースを預けることができるのなら、お城の観光はできると思います。

ちなみにですが、オーバーアマガウは、ガルミッシュ・パルテンキルヒェンからもバスでアクセスでき、エッタール修道院は、ガルミッシュ～オーバーアマガウの途中にあります。
ガルミッシュ・パルテンキルヒェンから、フュッセン行きのバスもあります。

まだ先なら、じっくり案を練ってはいかがでしょうか。
たくさんの場所を見たいという気持ちはわかりますが、無理なく旅が楽しめるほうがいいですよね。

ご参考まで。