ホーチミン→アンコールワット→ホーチミンの陸路移動

「シェムリアップ→ホーチミン」は、メコンエクスプレスではありませんが夜行便があります

メコンエクスプレスのバスはお勧めです。
往路（ホーチミン→シェムリアップ）は私は朝出発の便しか知らないのですが、
メコンエクスプレスのバスは値段が他のバス会社より若干高いですが人気ですので満席でバスのチケットが購入できないこともありえます。
バスのチケットは予定が決まっているようならお早めに購入したほうがいいですよ。
メコンエクスプレス以外のバス会社も同区間を販売しています。

復路（シェムリアップ→ホーチミン）は深夜出発のバス会社もあります。
深夜出発便はメコンエクスプレスではありませんが、夜中出発で翌日ホーチミンに昼頃到着するので時間効率がいいです。
もちろん朝出発（夜8時過ぎにホーチミン到着）のメコンエクスプレスも運行しています。

全てのバスのチケットは1枚の通しのチケットで販売していますが、私の知る限りでは全てプノンペンで乗り換えです。
昔（数年前）にはバス乗り換え無しの直行便もあったようですが、現在その直行便のバスがあるか不明です。

ホーチミン→シェムリアプ

http://www.calvinshub.com/2010/12/vietnam-cambodia-in-7-days-part-5-saigon-to-siem-reap/

メコンエキスプレスバスは、ホーチミンを朝 7:00 に出て、
国境、プノンペン経由、シェムリアプに夜の 8:00 すぎ。
昨年の情報なので参考になると思います。

http://www.canbypublications.com/cambodia/buses.htm

この↑最下段にこのバスの出発時刻が、7:00と書いてある
ので情報は符合します。