時間が足りません

トルコはバスがとても発達した国です。長距離はだいたい夜行バスがあるので、移動を夜行にすればかなりまわれます。
まず(1)のパムッカレ→カッパドキアは、夜行バスです。デニズリからギョレメへ行く夜行バスがあります。
パムッカレから直接は無理です。

イスタンブール→チャナッカレ→トロイ→パムッカレ→カッパドキア→アンカラ→イスタンブールを8日ということですが、全行程で8日ならトルコ航空の直行便を使う前提でも現地では6日しかないですよね？
それだとかなり大変です。トロイ→デニズリが夜行バスで移動できればなんとかなりますが、あるんでしょうかね？
トロイとチャナッカレはカットして、イスタンブール→パムッカレ→カッパドキア→アンカラ→イスタンブールなら大丈夫でしょう。
イスタンブール→デニズリは飛行機、最後のアンカラ→イスタンブールも飛行機です。
それかアンカラからイスタンブールに戻る途中にサフランボルに寄るのもいいですよ。ここは古いトルコの宿場町です。
トロイを選ばれたのはローマ遺跡に興味がおありなんでしょうか？
私は地中海にはよく行くんですが、どこに行ってもローマ遺跡ばかりで飽きてしまってるため、トルコの中でトロイに行きたいとはあまり思わないんですよね。

なお、鉄道時刻表は下記です。
http://www.tcdd.gov.tr/tcdding/yurtici_ing.htm
アンカラからイスタンブールに直行するなら高速鉄道に乗るのもいいでしょうね。