鉄道に一票

空港まで、CATを使う事を条件に、Wein-Mitte駅のシティーエアターミナルでは、搭乗の７５分前からチェックインできるようになっています。チェックインさえ済ませていれば、後は空港で荷物のセキュリティーをくぐるだけなので、空港に着くのが３０分前でも大丈夫でしょう。
ただ、CATの本数は限られていますよ。１時間に２本です。

http://www.cityairporttrain.com/citycheckin/airlinecheckin/langen

とはいえ、さほど時間をセーブできないような気もします。結局、空港までたどり着く時間やチェックインなど、飛行機に乗るまでに１時間以上はなんだかんだかかるでしょう。そして、50分のって、飛行機から降りてプラハの中心地にたどり着くまでにもやはり最低でも１時間はかかるのではないでしょうか？　慣れている事を条件に最短でも、計３時間。

鉄道での１時間半をセーブするためには、飛行機は高すぎるような気がします。

乗ってしまえばあとは、勝手に着く鉄道の方がラクではないでしょうか。

ちなみに、Oebbでは、Sparschiene (シュパーシーネ）という格安チケットがあり、ウィーン-プラハ間は29ユーロで行けます。
ウィーンからザルツブルグに行くよりも安いです。
予約が必要で、規定の枚数が売り切れるとおしまい。普通だと２等席５８ユーロのようです。

www.oebb.at
のページで、乗りたい電車を調べて、そのままオンライン購入できますよ。
緑のクローバーマークがシュパーシーネのサインです。

鉄道の旅、予約の入っていないまるまる空いているコンパートメントを探して、陣取る！
そうすると結構ラクです。席を真っ平らにして寝る事も可能。
私は長時間の電車の旅では空いているコンパートメントの窓側の席を取って（コンセントがある）ラップップでDVD見たりしています。

よいご旅行を。。。