Re: ドイツのホテル＆日程

ケルン→ローテンブルグ(Rothenburg ob der Tauberですよね？)はスムーズにいっても4～5時間かかるみたいです。
電車に慣れていないと分かりづらかったりするので、行動できる時間帯のうちほぼ半日つぶれると思った方がいいかもしれませんね。
電車はこちらで調べられます。
http://www.bahn.de/international/view/en/index.shtml

ケルンは大聖堂だけ見るのであれば、時間はかかりません。
移動で立ち寄れるならその程度で大丈夫かと思います。
駅前に大聖堂があるので塔にのんびり登っても2時間もあれば十分かと。

1日目　ケルン泊
2日目　朝ケルン観光→午後はフランクフルト観光
3日目　フランクフルトからローテンブルグへ

とすると、3日目の移動時間が3時間に減ります（微々たる差ですが）。
ただ、初日のケルン着はおそらく夜10時過ぎになっちゃいますので、
ケルン⇔フランクフルトは片道1時間半ですし、
行ったり来たりしてもいいのであれば1日目、2日目ともにフランクフルト泊もいいのでは。

駆け足で観光すればフランクフルトもローテンブルグも半日で見れます。
ミュンヘンがいちばん見どころが多いのではないでしょうか。
好みもあると思いますので、どこに多く時間を割きたいというのがあると思うので、
それに合わせてプランを考えないといけませんが…
ちょっとご質問の趣旨と離れてしまったかもしれませんが、ご参考になれば幸いです。