個人で3つの街を

3都市周遊の旅程を参考にすればいいかと。プラハも1日あれば主な見所は見れます。２日あれば十分かと。ブダペストもプラハお同じくらい魅力的です。
現地5泊ならプラハとブダペストに2泊、チェスキー1泊、6泊ならプラハ3泊にして個人で回るといいかと。母と2日で個人旅行は極めて一般的で、誰でもできます。宿を予約するだけですから。
プラハ、チェスキー、ウイーン（乗り換えのみ）、ブダペストか逆コースでいいかと。チェスキーに日帰りすると移動時間が長くなるので、チェスキー途中下車1泊がいいかと。

YHの個室が設備は中級ホテル並で料金は半額とお勧めです。

http://www.jyh.or.jp/ で検索、オンライン予約できます。