多分普通な事だと思います

英国でも、デンマーク等北欧でユーロを使用していない国では、ユーロで支払い、現地の通貨でおつりを貰うか、現地通貨の支払いのみの取引するところが多いと思います。
スイスではスイスフランという立派な通貨があるので国鉄の職員の答えはもっともだと思います。ただ言い方が悪かったと言うのは別かもしれませんが、国鉄の職員なんてそのような物ではないでしょうか。フランスなんてもっと最悪だと思います。
恐らく、ジュネーブの一般商店は商売上のサービスでユーロコインでおつりを出していると思います。
それ程大した事ではないので、腹を立てると損すると思います。