ベルリン→クラクフ→プラハ　寝台列車　予約方法

あまりお役に立てませんが、

回答が無いようなので。

＞ベルリンからクラクフ行きの寝台列車はありますでしょうか？
＞やはりワルシャワで乗り換えでしょうか？
＞DB-BAHNで検索したところ、dep 20：34 arr 6:10　がありましたが fare not availableした。

この時刻はワルシャワの到着時間ですね。
クラクフだと９：１１着です。
乗り換えが２回あり、夜行列車はポーランド国内列車です。
他国の国内列車を含むので、ＤＢでは料金が出ません。

＞クラクフからプラハの寝台があったのでDB-BAHNで検索したところ同じでした。

こちらは確かに直通の寝台列車があり、２１：５７発７：３３着です。
これも第三国間の列車なので、ＤＢのサイトでは料金が出ません。
ポーランド国鉄のサイトですが、オンライン購入はできない感じです。

http://rozklad-pkp.pl/?q=en/node/143

ポーランドの寝台車は何回か利用していますが、いずれも当日の午前中に窓口で購入しました。

現地の祝日などのシーズンで無ければ、現地購入で十分だと思いますが。