決まっているのなら事前予約購入を

泊まらずにクレタ島に行くということなのでしょうか？

素直に泊まったほうが何かと楽だと思うのですが。
そもそも泊まらないのならば、荷物もなにもないはず
なので、アテネか何処かに預けておけば良いのでは？

過去の書き込みを知らない（細かい点まで把握していない）
のですが、よもやクレタから戻り、そのまま帰国という
ことはないですよね。

本題のクレタからのフライトです。

>クレタからの飛行機はアテネに着いて空港で予約しよう

まず、予約というよりも予約・発券（購入）ですよね？

ノーマルを払うのを厭わないのであれば、満席でない限り
その場で買えます。15時以降の便は5-6便あるので、
どれかは乗れるでしょうが、23時でも良いのかとか、
高い航空券しか残っていないという可能性もあります。
この方法の最大の利点は、日程変更はまずないということ
ですが、日程が決まっているのならば、今すぐ手配（予約
発券）するほうが確実に安いチケットが入手できると
思います。

とくにAegeanAirは、早く予約発券すれば安いものが手に入ります。
しかし、当日購入とかになるとべらぼうに高くなると思います。
この島は観光だけでなく、ビジネス需要もあるので。