いろいろ考えること

われわれ旅行者側から見ると
入国審査を受けて入国、
つまり入国審査を受ける前は「入国していない」という考えになるのが普通です。

しかし、制限エリア内であろうと、そこはすでにインドネシアの領土であって
イミグレーション的には入国していなくても
物理的な意味では「到着」していることになる、というふうに考えることも不可能な解釈とはいえません。

アライバルビザ(Visa on Arrival)とは、「到着した日にち」から、という決まりだったと思います。

「到着」とは、入国審査を受けた時点を指すのか、航空機が到着した時点を指すのか
同様に、「出発」とは、出国審査を受けた時点を指すのか、航空機が出発する時点を指すのか。

これがビザではなく、出入国スタンプの問題であれば
それが入国・出国審査を受けた時点であることは、明らかです。

ただ、これはビザだという問題、それも「アライバルビザ」だという問題。
これが問題を分かりにくくしています。

大使館の言っていたことは到着に関してです。
出発の部分ではありません。

また、インドネシア大使館というのはけっこういい加減なところで
ほかのことで質問したとき、回答する人によって答えが異なることもありました。

bungaさんが聞いたことに対しても
係官がひとりでは答えられなくて、ほかの人に聞いている・・・。
そのときの状況によって「基準」が異なることもありえます。

本当に正確な答えというのは、正直あまり期待しないほうがいいかもしれません。