鉄道移動はヨーロッパの基本だと思います。

全体的にヨーロッパは鉄道網が完備していて、運行も結構正確なので移動には便利です。

> ドイツの電車は初めての一人旅では難しいでしょうか？

誰でも最初は初心者です。次回からは、何も心配はなくなると思います。
不安もあるでしょうから、まず日本で「トーマスクック時刻表」を入手して路線の全体像を研究されると良いのではないでしょうか。
慣れれば、ネットですべての最新時刻表が検索できます。
大きな駅では発車表示板もしっかりしていますし、ホームはすべて番号で表示されています。
駅員さんも親切なので心配は杞憂だとおもいます。

> また、空港と電車の駅は同じとこにあるのでしょうか？

日本と同じで、空港は街中にはなく郊外にあります。ほとんどの大きな空港で鉄道に乗れます。
街は、中央駅の周りを中心に発達してることが多く、その意味でも鉄道は移動に便利です。

> 英語もカタコト程度で、ドイツ語もオランダ語もさっぱりできません。

オランダ、ドイツとも駅では最低限英語が通じます。
オランダは昔からイギリスと接していたこともあり、オランダ人はほとんど英語が話せます。

ドイツでは最低これだけは覚えておきましょう。
Bahnhof(駅), Hauptbahnhof(中央駅), Ankunft(到着), Abfahrt(発車)