フライトがないからです

簡単です。デニズリ→カイセリのフライトがないからです。
日本でもそうですが、トルコでも飛行機は主要都市（イスタンブールとアンカラ）と地方を放射状に結ぶのがほとんどで、地方－地方のフライトはほとんどありません。
いったんイスタンブールまで飛んで乗り換えだと飛行機が２フライト分かかるのでコスト高なんでしょう。
なお、デニズリ→ギョレメは直行の夜行バスがあるので、個人旅行ならこれを使えば、寝てる間に移動できます。ツアーだと夜行での移動はしないはずなので1日潰れると思います。
私は途中のコンヤにも寄りましたけどね。