ルツエルン経由。シャモニはマルティニから往復がベター

スイスが鉄道が一番です。バスがあっても列車の方が景色がいいです。
半額パスでなくフレキシーパスです。

ルツエルン経由が正解かと。ルツエルン～インターラーケンのゴールデンパスの車窓が素晴らしいからです。
ベルンはグリンデルが雨天の場合の日帰りで行くといいかと。

ジュネーブへはマルティニまで戻り、美しいレマン湖畔（北岸の全景が見られます）を行くのが最高です。シヨン城も見られます。
シャモニ～マルティニは欧州車窓ベスト１０に選ばれた絶景路線なので行き帰りで左右両方見るといいです。鉄道パスはシャモニまでスイスの扱いなのでパスだけで交通費はかかりません。