もちろんマイルは貯まりますよ

UAのマイレージプラスに加算する場合は格安航空券でもマイル加算対象ですので、よほど特殊な種別の航空券でない限り、マイルは加算されますよ。　
HPとかで加算不可となっているのは、どのFFPに登録するかで加算対象にならない場合もあるので、
後のトラブル・苦情を避けるためとりあえず加算不可ということにしてるものと思われます。