絶対、必要なこと

テクニカル上だのことを言えば、バラハス空港でのMCT（最低乗継必要時間）の条件と時間を満たしていればいいはず。（両航空会社間にアグリーメントがなく、日本からリスボンまでスルーバゲージができない場合はMCTの条件はあてはまりません。）
ただ、マドリードまでの航空券とマドリードからリスボンは別別に手配されたとのこと。
この場合、マドリードまでの航空券を手配した代理店にTAPの便名、日付、出発地と出発時間を必ず、知らせて、飛行機の予約記録にその情報を入れてもらって下さい。そして、TAPにも日本からの到着便名、日付、到着時間も同様にしてもらって下さい。
そうしたら、日本からの飛行機が遅延しても航空会社がその情報を見て、通常は対処してくれます。

一応、上記の条件を満たしていれば、万が一、乗り遅れても「自分はちゃんとルールに従ったので、そちらで対処して欲しい。」といえば良いのですが、とはいえ、やはりトラブルはなるべく回避したいもの。
乗継は余裕を持った方がいいでしょう。でも、2時間半・・・？

ロスバゲのリスクは場所を問わず、乗継にはつきもの。
最低限の荷物をキャリーオンに持っていくといいと思います。