問題なし

きちんと読んでいないことが良くわかりました。

「航空券はブリュッセル航空で申し込み」とありますね。
要するに実際の運行はどうあれ、ブリュッセル航空便（SN）での
予約発券なのでしょう。それならば、荷物は当然のこととして、
接続も保証しているはず。

チェックインもフランクフルトで2便とも終わると思います。
BRU-BCN間の搭乗券も出る（SNには乗ったことがないので、どのような
搭乗券なのかは知りません）と思います。

先に書いた内容はお忘れください。