航空会社によるのでは? ヨーロッパ系しか知らないですが、 LHは不要ですが、AFは必要です。 つい最近もAFのE-ticketで発券しましたが、予約時にパスポート番号が必要でした。 旅行会社を通してではなく航空会社のウエブサイトからの予約です。 航空会社によるのでは?と思います。
基本的に 代理店経由にしろキャリア直にしろ更新中で有る旨を告げれば(NET予約の場合では電話での問い合わせが必要になる場合もありますが)問題無い筈です。 出発間際にパスポートが無いと言った所でキャリアからすればお客の不手際なので払い戻し義務も無くあっさりした物ですよ(笑)