エアーアジア利用という手もあります。

クアラルンプール経由でもよければ安いのはAIR　ASIAが安いです。ジョホールバルからクアラルンプール経由でバリまでいけます。
http://www.airasia.com/english.php?f=flight&p=schedules
それでも結構安いです。特にキャンペーンの時に予約するとビックリする値段です。過去に1000円以下で何回か利用しました。

ジョホールバルへのバス　4社6系統

1.SBS http://www.sbstransit.com.sg/
170系のほかに、160系も可

混雑時はKranji発着のバスが増発される。
170 Bugis = MRT Kranji Stn = 国境 = Larkin
160 Jurong East = MRT Kranji Stn = 国境 = KotarayaII

2.SMRT http://www.smrtbuses.com.sg/
新規参入
950(Woodlands = 国境 = KotarayaII)

3.Singapore Johore Express(SJE)
急行バス
Bugis = (nonstop) = 国境 = Larkin

4.Causeway Link
マレーシアのバス会社。
CW1 MRT Kranji Stn = 国境 = KotarayaII
CW2 Bugis (nonstop) = 国境 = Larkin