目的が分かりませんが

どのような目的の旅行なのか分からないので、なかなか難しいのですが、とりあえず分かる範囲で。

> ＮＹでは自由の女神など行きたいところをチェックしているんですが、ナイアガラなど見に行きたいんですが、現地のツアーに申し込んだほうがいいのか自分で航空券とか日本で買っていったほうがいいのか・・・など

現地で手配できる力があれば、天気や体調を考えながら予定が組めるので、その方が良いかと思います。
航空券購入やツアー申し込みは、現地でも可能です。
ツアーはホテルで紹介してくれるでしょう。


> あとサンフランシスコではホテルまで自分で行くようになるのですが、行きかたも自分で調べてくださいと言われたんですが、皆さんどうやって調べているんですか？

ホテルのホームページに行けば必ずホテルへのアクセスが書いてあります。
transportation and maps, hotel directionなどの項目を見ればよいでしょう。
ホテルによってはシャトルを出してくれるところもありますし、空港のシャトルでホテルへ行くところもあり、さまざまです。まず、ホテルのページを調べてみましょう。


> そしてサンフランシスコからロサンゼルスまではかなり遠いみたいですが、もうサンフランシスコにホテルを取っているので日帰りとかになるんですがバスとかではかなり時間がかかるでしょうか？


サンフランシスコからＬＡまでは、グレーハウンドのバスが便利ですが、約９時間かかりますので日帰りは無理です。夜行もあるので、ＬＡで遊んでからＳＦまで帰るのなら夜行の移動なら可能です。
鉄道（AMTRAK）もありますが、これは１２時間くらいかかってしまいます。