ハイポジウム神殿までの行き方を教えてください。

この件に限らず、マルタに行くならばロンプラを買った方が良いです。

ハイポジウム神殿に一番近いバス停は、本数が余りないと思います。
歩いて５分前後のPaola というターミナルになっているバス停には何通りものバスが着きますので、こちらを目指されてはいかがでしょう。
バスを降りて、進行方向の大通りをまっすぐ進むと、路地の右手に簡素な入り口が見えます。派手な案内はありませんので、地図か入り口の写真などでチェックしておかないと、見逃す可能性があります。

バスの運転手さん（特に中年以上）はおしなべて親切で、私の場合、乗る時に「ハイポジウムに行きたい」と伝え、Paola で降りようとしたら「まだ乗ってなさい」と言われ、困惑していたら、バスルートの中でハイポジウムから一番近い交差点（バス停ではなく）で下ろしてくれました。（更に帰りにマラセシュロックに寄ったのですが、そこから乗ったバスが偶然そのおじさんのもので、乗った瞬間「ハイポジウムはどうだった？」と聞かれました。）

バスの乗車時間は、私はヴァレッタからだったのですが、15〜20分位だったと記憶しています。サン・ジュリアンからならば、更に10〜15分プラスと考えればよいでしょう。
バスに関しては、ウェブページもありますが、ロンリープラネットにバスの番号や幹線のルートなどが詳しいので、ウェブと一緒に確認しながら調べてはいかがでしょう？詳しい地図も情報もありますので下調べにも現地でも活躍しました。
歩き方のBBSでアレですが、マルタに関してはロンプラに完全に水をあけられています。
ちなみに、私の手元にあるロンプラによりますと、627というバスがパオラに直行しているようです。
頻度などは季節によるようですので、ウェブでご確認下さい。
…とはいえ、マルタバスは結構のんびり・マイペースです。ダイヤを過信せず、ゆったりと御計画を。