まずは目的を明確に

(1)に関しては「本人が行きたいことに行く」の基本なので他人が
あれこれ、または「ここに行きなさい」とは言えないと思います。
ただし、「食材やワインの興味があるので」、「欧州のチーズに興味があるので」
とか、「、レンブラントやフェルメールが好きで」とか「ダイアモンドに目がない
もので」とか「大航海時代の歴史が好きで」など具体的なものがあれば、
答えることも可能でしょうが。「ぶらぶらするのが目的」ならば現地で考えましょう。

(2)やはり本家でどうぞ。
www.eurolines.com/
こんなものもあります。
www.eurolines-pass.com/
A Eurolines Pas gives everyone the chance to travel
on a budget with flexibility between Europe's classic cities.

The 2 Passes give you a choice of 15 or 30 days travel ticket
offering unlimited luxury coach travel between 40 cities
on Eurolines services. To make your travel simple,
you can pre-book your first journey and for all other journeys
book as you travel, providing you with additional flexibility.

今からならHigh SeasonかMid Seasonで、15または30日で240-455ユーロ。
情報満載なので、穴が開くほど読んでみてください。

ただし、実際の旅行に使えるかと言うと、これも旅のスタイル次第でしょう。
鉄道パスもそうなのですが、小動物のように動き回っていないと生きていけない
のならば、使い勝手は悪くないし、できるだけ長距離を、しかもバスの中でも
駅のベンチでも熟睡可能で、バスから降りた時には元気はつらつの人なら
大丈夫。例えば、深夜バスで東京ディズニーランドに行って深夜バスで戻って、
そのまま仕事をこなせる人とか。鉄道パスのほうが適していることもあるし、
むしろ何も買わないほうが賢いということもあります。

ベネルクスは中心なのか、それともイベリア半島、イタリア半島の踵、
エーゲ海や、東欧、北欧まで足を伸ばす気があるかにも関わってくるでしょう。
まず、これを決めてからなのでは。

特別な例として、乗り物好きがあります。
歴史や建築物などよりも、乗り物に乗っているほうが楽しい。
それなら足の向くまま気の向くままの旅をどうぞ。

(3)欧州でパスポートチェックのあるところは少なくなりました。
これもEUの威力のひとつ。少なくとも書かれている国は全て
シェンゲン協定締結国です。やって欲しくとも係官が居ません。

(4)利用者・推進派ではないのでパス

(5）往路と復路の空港が違うという意味ですよね。
これは欧州ではむしろ普通でopen jawと言います。
注意点は・・・別にないですね。
基本的には日本から欧州に行く際に使うエアラインが就航していない
都市へは行けないこと。有効に使うには、欧州内をできるだけ長く
飛ぶこと（ケチな発想）。ただし、最終目的地と復路の出発地との
間はエアラインまたは鉄道、バス等での原則自己調達です。

例えば、NRT-AMS,AMS-LISが復路、ATH-AMS, AMS-NRTと
飛ぶことは可能ですが、LIS-ATH間の別途手配が必要。
一方、NRT-AMS, AMS-CDG, LHR-AMS, AMS-NRTは敢えて空路を
使わなくても移動可能ですが、パリとロンドン間の移動は別途手配しても
それほど掛かりません。

上のアムステルダム（勝手にそう決めているだけ）で当日乗り継ぐさいに、
予め通しで予約がはいる場合には問題がないのですが、それでも
接続便が遅れ、他の便または翌日以降の便に振りかえられる可能性が
あります。時間が開いて居ればそのリスクは軽減されます。
翌日仕事（1-1.5ヶ月なら関係ないか）が入っているのならば、十分間隔を
とるとか。アムステルダムに往路復路で滞在するのなら関係ないことです。

最近読んだ記事で、パッケージで行って帰国の乗り継ぎ便が遅れ、空港で
免税手続きができなかった（あまりに日本人が多いので拒否された）。
免税で戻るはずだった3万円を代理店が負担せよという、ある意味クレーマー
の典型みたいな話し（最近、このような理不尽な要求が増えているそうです）。