現地の日系旅行代理店なら

私なら、ネットから直接飛行機の予約をしますが
http://allabout.co.jp/travel/travelitaly/closeup/CU20080229A/

現地の日系旅行会社限定ならば、日本に本社がある大手の旅行会社にします。
トラブルが発生した場合に安心感がありますので、

イタリアのHIS
http://www.his-italy.com/
もしかしたら意外とお安い値段で取れるのでは？