身分を証明することだけが目的の書類

が、日本にありますか？

フランスにはあります。

それがないのに、外国人登録証という外国人だけに身分証明を義務付けているのが日本です。

例えば、外国免許の日本免許への書き換えが可能ですが、免許証が身分証明書なら、外国人でも身分証明書を携行していればよい訳です。住民票も取得できます。国民健康保険にも加入できるので、保険証も取得できます。学生であれば学生証もありますし。戸籍謄本は無理でしょうけど。

パスポートが「唯一」と仰ることの論拠が不明です。

フランスなどでの身分証明書携行義務は、自国民を含めて、当該人が同地に存在するのに有効な法的基盤を有しているかということを証明するためです。

＞又、前科を持つ外国人の渡航を食い止めなければなりません。
＞当然ですが、日本国はこの国の治安を守る義務があるのですから。

論旨がずれていると思いますが、前科のある自国民はどうするのですか。