おすすめなど

どちらの島も青い海、白い壁の家で、期待を裏切ったりしませんが、新婚旅行であればサントリーニですかねえ。
カップル限定とか子供お断りのホテルもこちらの方が多いようですし、
メインの街の他にも、ワイナリーなど足を延ばせる場所があります。

私はハネムーンで訪れたわけではないので、世間の評判ということですが。。。
サントリーニでハネムーン向きのホテルと言えば、
カティキエス、ペリヴォラス、ホロマタ、コスモポリタンスイーツ、サン・ロックスとかかな？他に何とかヴィラっていうのが二つほどあるんですけど思い出せません。
最初の3つは半端なく高いので、新婚旅行とはいえ躊躇しそうですが、サン・ロックスは日本人の利用もあるようです。
ホテルの情報は、通常のガイドブックよりも雑誌のギリシャ特集で探す方が良いです。
エスクァイアやクレア・トラベラーのバックナンバーで見つかります。
もちろん、どこも自前のサイトを持っていますので、チェックしてみて下さい。
旅行会社に行き、サントリーニのホテルが掲載されたツアーのパンフをもらってくるのも、写真入りなのでイメージしやすいかもしれないですね。掲載されていたら、代理店で手配出来るということですし。

私は利用していませんが、ハネムーンプランを手がける会社があります。
リーズナブルではないかもしれませんが、HPを見る限り丁寧な対応のようです。
http://www.meridian-jp.com/
ここで他の方の日程を参考にするか、サントリーニを新婚旅行先に選ぶ方は多いので、ネットで旅行記を探すのも、多少の時間節約になるかも。

航空券ですが、私はイタリアと組み合わせてのギリシャ行きは経験無いので、航空会社のお薦めが挙げられないです。ゴメンナサイ。
イタリアを考えなければ、経由地別に(1)便数が多い欧州経由②価格が魅力の中東経由③アテネに朝到着、帰国便も午後発で接続が良い南回り、となるんですが。
簡単なのはイタリア直行便を選び、同じ会社のアテネ往復をつけることだと思いますが、
この場合、イタリアでの乗り継ぎ地はローマかミラノになるんじゃないのかな？
往路はそれでもいいとして、帰路、アテネからベネチアに行く時が面倒なような。ミラノからなら近いのかしら？
アテネから直接ベネチアに行こうとしても、アテネ⇔ベネチアは主要航空会社の便が無いみたいです。
2007のアテネ発着便の一覧が手元にあるのですが、Alpi　Eaglesという知らない名前の会社が一応、毎日1往復飛ばしていました。
ツアーでイタリアとギリシャを組み合わせたものが時々ありますが、ローマに入るか、ギリシャからイタリアまで船利用が多いみたいです。

ベネチアも訪れる価値がある街ですが、短い日程でギリシャと組み合わせるのは難しいかもしれません。
でも新婚旅行ですから、あきらめず、一番良い旅にしたいですよね。
飛行機選びの良い案が、他の方から出てくるといいのですが。