ドイツで一泊もしくは陸路

フランクフルトかミュンヘンで一泊して、朝ウイーンに発てば結構余裕が出来るのではないですか。
到着後２４時間以内に飛行機に乗れば途中降機（ストップオーバ）になりません。
フランクフルトかミュンヘンに泊まるのであれば、時間的には各中央駅の周りにいくらでもホテルはありますし余裕です。

ミュンヘン行きのチケットが入手できれば、鉄道でウイーン行きも考えられますが、時間的には夕方の乗車になるためあまりお勧めできません。
鉄道移動については、このサイトでもＤＢ（ドイツ鉄道）のベテランの方から色々ご意見をいただけるでしょう。