Japan Rail Pass　を使用

パスを使用されるのでしたら、東京駅がよいかもしれません。私も良く乗り換えに利用しますが、あまり好きな駅ではありません。乗り換えには少なくとも45－60分ぐらいの間隔を取った方が良いと思います。地下の隅から地上の隅まで、非常に長い混雑した導線です。
パス以外の場合は上野(京成利用)、大宮(リムジン利用ーただし所要時間に多少の問題が出る時もあります)。