大丈夫だと思いますよ。

昨年の9月に初ベルリンの女一人旅をしてきました。（ドイツ自体は3回目）
私もフリードリッヒシュトラーセ駅前のプロモーションのホテルに
宿泊しましたが、毎晩、遅くまでSバーンとUバーンを利用しておりました。
ホテルに到着すると毎晩遅い時間になっていましたが、
駅もそうですが、電車にも人の乗り降りは結構あったと思います。