昼食についてはそうだと思います

>いずれも、第一食目は夕食で、朝食や昼食を第一食目には出来ない、

昼食についてはそうだと思います。早く着いて昼食時にチェックインしても最初の食事は夕食からと言うことでしょう。それにお昼を食べにわざわざJH(ユースホステル)に帰って来る人はいないでしょうから、お昼はサンドイッチに果物、飲み物のお弁当を渡されると推測。

朝ご飯を食べるためにその時間にチェックインする人はめったにいないと思いますが(夜行で着いてというのはありか...?)、もしいたとしたらそれもダメということでしょうね。

夕食から起算して2食、あるいは3食という意味なんでしょうね...とここでああでもない、こうでもないと言ってもしかたないし、マインツのJHの例がたとえドイツでも一般的というわけではないでしょうから、具体的に到着時間を告げてJHにメールで照会するのが一番と思います。