大丈夫だと思います

女性ですが、日付が変わっても１人で乗っています。

リンクのSバーンの中であれば人通りも多いと思いますので、大丈夫だと思います。

意外と厄介かもしれないのが、Philharmonie からPotsdamer Platz の駅への道です
（ちょっと迷うかもしれません。バスの２００かM４１で広場まで移動という手もあります）