第１区間の旅程を変更すれば返金のある航空会社もあります

サーチャージは、どこの航空会社も、発券時のサーチャージの金額を徴収しています。ですから、４月、７月にサーチャージが引き下げ、廃止された場合でも、返金がないのが基本で、残念ながら、このままでは返金されません。９月出発のようですが、今のシンガポールケロシンの推移からみれば、７月以降廃止される可能性は大きいですから、なおさら返金してくれないかという思いは強いでしょうね。

「マイルで」と言われていますから、特典航空券ではないかと思います。特典航空券の場合、通常、日程の変更が可能だと思います。利用されるのがどこの航空会社か分かりませんが、ＪＡＬ、ＡＮＡなど日系利用であれば、「第１区間の旅程を変更すれば」下記の通り、返金して貰うことも可能です。

４月以降、日系の場合なら、サーチャージは、往復で7,000円まで引き下げられますから、現行44,000円からみても、往復で37,000円も引き下げになります。例えば、９月出発日を４月１日以降に、前後に１日でも変更すれば、「第１区間の旅程の変更」に該当しますので、返金の対象となります。日程の変更が可能かどうかや空席があるかどうかも問題となるかと思います。

欧米系の他社の場合は、よく分かりませんので、問い合わせてみたらいかがですか？

以下、ＪＡＬのＷＥＢサイトから引用しています

8. 航空券発券からご出発までの間に適用される燃油特別付加運賃の額が変更となった場合の取り扱いは以下の通りです。

1) 航空券を変更(*)しない場合
差額調整は行いません。
2) 航空券を変更(*)する場合
国際線第一区間を変更する場合
既にいただいている額と航空券の変更を行う日に適用される額の差額調整を行います。（差額調整は全ての旅程が対象となります。）
国際線第一区間以外を変更する場合
差額調整は行いません。
* 変更とは、便名の変わらない日付変更や旅程の変わらない便名変更、オープンの航空券に 新しい予約をする場合も含みます。
例：国際線第一区間として
東京-シンガポールJL719の4月1日出発を4月20日へ変更
東京-シンガポールJL719を同じ日のJL711へ変更
オープンの航空券に東京-シンガポールJL719、4月1日出発を予約