子連れにはキビシイかも……

ザグレブからドゥブロブニクへはかなりの時間乗車する必要がありますので、
お子さんの年齢によっては厳しいかもしれません。
むしろ、お子さんの大丈夫な範囲で旅程を考える必要がありそうですね。

クロアチア航空の国内線は、日本からすればさほど高くない価格ですので、長距離でしたら、飛行機の利用もご検討になったほうがよいでしょう。