何回目のイタリアですか？

まず、ピサ行きの列車の件は、GORGEさん覇王樹さんが書いていらっしゃる通りなので省略。

ローマで５日間とありますが、すでに一度はローマの観光をされていらっしゃるのですか？
もし初ローマなら、３日間ぐらいはローマにかけてもよいように思います。
そしてあと２日ですが、日帰りするより、近隣の小都市に宿泊した方が楽しめると思います。
または、GORGEさんもお薦めしているナポリまで足を延ばすとか。

ローマのような大きな都市に５日間も泊まるより、
地方都市に泊まった方が宿も安いですし、また別な楽しみ方ができますよ。
スーツケースをローマのホテルに預け、１～２泊分の必要なものだけ持っていけば楽です。

もしかすると、フライト＋ホテルで購入した個人旅行なのでしょうか？
それだと宿代がもったいなからずっとローマ泊になりますね。
日帰りで気軽に行けて素敵なまちは、オルヴィエート、スポレート、
もう少し時間がかかりますがアッシジなどではないでしょうか。
どこも治安には問題ありません。