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フィレンツェからピサへは普通列車しかないため、満席であると事前に知る術は無いはずです。何かの勘違いではないでしょうか。

ピサに至る途中に、ルッカという城壁都市があるので、ピサへ行くのならルッカを経由して行くと良いかと思われます。ルッカからピサへはすぐですし、斜塔に行くのならばピサの一つ手前の駅で降りると直近です。

或いは、少し南に足を伸ばしてオルヴィエートに、という手もあります。ここもフィレンツェからであれば日帰り圏です。この町は食事もさることながら、白ワインで有名なので、かなりお勧めの町です。

以上の町は、小規模な町なので、治安に関しては何ら問題はありません。気を付けるべきは大都市のみと思って良いでしょう。