予約システムは知りません

内容を知っている人は、ここに書くことはできないでしょう。
つまり全て憶測です。またシステムも良く変わるはずです。

ということで思いつくまま書きます。

以前できて今になってできないという理由は、
（１）何らかの不具合
（２）予約できる席が埋まった
ことが考えられます。

通しでスケジュール検索を投げれば、当然同じ予約クラスで投げ返すと
思います。アメリカン航空の予約システムがどのようになっているかは
知らないし、実際にアクセスしている訳でもありません。一般客用に
様々な予約クラスを用意し選択させるというのもあまり見かけません。

よもやビジネスクラスで検索し、3セクター目に空きがない。これでは
ないでしょうね。エコノミーは空いている。当然分ければ、合計金額も
安くなるはず。全てビジネスでまたはエコノミーでも、同じクラスがなく
なった可能性はどうでしょう。

3セクター目（本当は4セクター目）を分けると安くなることあ説明が
難しいのですが、マルチルートはノーマル料金になりませんか。
料金計算上で、米国発券とドミニカ共和国発券の違いが出るとか。

ここを分けたがために、ドミニカ発だけで出る料金が提示されたとか。
予約用の端末を使えばある程度のことはわかるでしょうが。、