Re: JFKでの入国審査・トランジットについて

アメリカでなくても一部の例外を除き、国際線から国内線への乗り継ぎは入国審査/税関審査/検疫が当然あります。

先ずJFKでJLからどの航空会社に乗り継ぐのですか？
JLはターミナル1発着です。
乗り継ぐ航空会社によりターミナルが違います。
各ターミナル自体はそれほど広くありません。
それとボーディング･パス(搭乗券)とチケット(航空券)の違いを理解して下さい。

各ターミナル間はSkyTrainで結ばれています。

各空港の航空会社別にMCT(ミニマム･コネクティング･タイム　最低乗り継ぎ時間)が設定されています。
同じ空港でも航空会社別や国際線/国内線等でも違いますので、JLに聞くのが一番です。
定刻到着という条件でMCTに＋αをすればいいと思います。