私の場合

航空券の種類等にもよるので私の場合が参考にはならないかもしれませんが、
私は今年のゴールデンウィークにマラガin、マドリッドoutをパリ経由エールフランスで利用しました。いわゆる格安航空券として旅行社には依頼しましたが、追加料金は特になかったです。というより、最初から到着地、出発地を言っての依頼だったので、こちらには分からなかったのかも。乗り継ぎは行きも帰りも2時間程度で丁度よかったです。
8泊10日で、マラガから入り、レンタカーで移動しました。マラガ→フリヒリアナ→グラナダと行き、そこから北上し、アルマグロやトレドに寄りながらマドリッドから帰途につきました。バルセロナにも行きたかったのですが、スペインって結構広くて予定を立てていくと、行きたい所はたくさんあるのに遠くて辿り着かないという印象でした。道筋の重複がないようにという理由で私もマラガinにしましたが、なかなか旅程を組み難い所に見所が散らばっているので、私も苦労、苦悩しました。マドリッド中心に交通網ができているみたいです。
私が思うに、航空券が高くなるとか何処の空港に入るかの問題ではなく、アンダンテさんはもう少し行き先を搾ったほうがいいのではないでしょうか。ツアーでなら消化できる旅程かもしれませんが、個人旅行では忙しすぎて疲れそうです。
いずれにしろ、旅行を楽しんできてください。私もお金と時間ができたら次回は、ビルバオ、バレンシア、バルセロナ(またしても行き難い組み合わせ)に行きたいと思っています。