仰せの通りなのですが

入国に30分、バス待ちに10分、移動に一時間、帰りのバス待ちに10分、移動に
一時間、出国と登場前の時間を含めて一時間は最低掛かるとみてください。
ただし、途中で事故があったりすればバスは二時間掛かります（これは何度も
経験済み）。少し余裕を見て二時間前に着くとすれば、5時間をマイナス
します。残りは3時間。あまりのんびりできません。かと言って台北站上の
フードコートでは寂しいでしょう。地理に疎いのであれば、台北站から
離れるのは危険です。ですから、國光客運で往復し、移動するとすれば、
MTRで移動し、駅の近くで済ませるか、的士で移動するのが安全策。
あまり離れると渋滞で戻りたくて戻れないとかもあり得ます。

慣れていれば楽勝（でも油断は禁物）なのですが、初めての街では
危険覚悟で行ってください。タクシーを使って桃園に行くほうが、
距離的な安心感があります。

実はここからが本題。キャセイのような経由便ではないので、
必ず二枚の搭乗券が出ます。ですから、ストップオーバー不可でも、
入国は可能です。そもそもストップオーバーではないので。
ただし、何かの事故、時間を間違える、違うバスに乗ったなどで搭乗時間を
逃したら、かなりの可能性で（建前上は不可）紙くずになります。