同じ航空会社なら

同じ航空会社なら、成田～KLが遅延しても、KL～ペナンのチケットが「紙くず」になる心配はまずないと思いますが、マットスミスのいうような事態がおきて、その日のうちにペナンにいけない可能性も、ないとはいえませんよね。

そうなった場合は、ホテルのほうが、先払いしているためにムダになっちゃます。

ペナンのホテルを、あえて予約していかないという方法もありますね。
どうせ、この日は夜着いて寝るだけです。
エコノミーホテルに飛び込みでも全然いいんじゃないでしょうか？（自分の考えです）
そして２泊目からを予約していったらどうでしょう。