「別切りチケット」になった場合

エアラインにも依りますが、
ダミーの予約記録を入力することで、
恰も一つの予約記録として扱えるようにする方法もあります。

他に、異なるエアラインの予約システム間で相互参照する方法もあります。

飛行機の遅延・運休の場合、別切りチケットの便の全ての権利が無くなるか、
後続便振替えなどの優先度が極めて低くなるので、要注意です。

個々にどうしたら良いかは、お答できませんが、基本的な知識として知っておき
ご自分でいろいろ工夫・対応されるとよいでしょう。